软件部署第三弹-Lammps在linux系统部署安装

       LAMMPS，即大型原子/分子大规模并行模拟器，有源码源码是有源码源码由美国Sandia国家实验室开发的一款经典分子动力学代码。它主要用于模拟气体、有源码源码液体和固体状态下粒子的有源码源码集合行为，能够处理全原子、有源码源码brnshop源码聚合物、有源码源码生物、有源码源码金属、有源码源码粒状和粗粒化体系。有源码源码

       本次文章旨在提供高效可用的有源码源码安装部署方法，对使用Linux系统以及刚接触科学计算类软件的有源码源码用户十分友好。LAMMPS是有源码源码目前用于分子动力学模拟的常用软件之一，网上安装教程质量参差不齐。有源码源码获取LAMMPS时，有源码源码访问官网lammps.org。下载页面提供了历史版本，底层驱动源码讲解可通过github.com/lammps/lammp...获取。为了更加灵活地构建或扩展LAMMPS，建议下载源码，从源代码级别重新构建。

       安装部署Intel oneAPI，具体可参考blog.csdn.net/u...。加载编译依赖环境后，解压安装。在该路径下有常用各类编译器配置的makefile文件，本次以intel+intelmpi为例。编译配置参考。

       针对非intel平台优化和注意事项，修改Makefile.mpi内容：去掉-xHost -qopt-zmm-usage=high，添加-march=haswell。-xHOST是Intel 编译器针对Intel处理器增加的编译优化选项，Intel 编译器内没有集成AMD处理器微架构相关信息。灵溪棋牌源码但AMD处理器所包含X扩展指令集特性与Intel Haswell架构处理器类似，因此可参考AMD手册选取适合参数来帮助Intel编译器识别AMD处理器上的指令集特性。

       可选模块安装，例如electrode需要在lmmps/lib/electrode/下执行。生成对应的Makefile.lammps文件和对应的库文件libelectrode.a。VORONOI安装需要额外安装voro++-0.4.6，下载解压到lammps/lib/voronoi。修改lammps-xx/lib/voronoi/Makefile.lammps，在src目录下生成所需的可执行文件。可以查看已安装配置信息和已安装模块。

       LAMMPS软件测试，解压目录下加载lammps环境。LAMMPS使用MKL库完成其中的数学运算，但该库会通过内部函数检测是否为Intel处理器，在Intel处理器上MKL库的加速效果更好。在AMD平台可以加载libisintel.so，起点引爆指标源码把AMD识别成Intel,以更好发挥MKL数学库的计算能力。libisintel.so库具体可参考上期文章。命令行运行，查看运行结果示例，timesteps/s值为性能参数，值越大性能越好。参考引用。

pip和conda到底有什么不一样

       在Python编程的广阔天地中，pip、easy_install和virtualenv等工具早已成为我们不可或缺的伙伴。然而，它们并非全能，主要关注的是Python库的管理，对于非Python库如HDF5、MKL、LLVM等的joolun多店铺源码依赖处理则显得力不从心。这些库的源码中往往没有`.py`文件，也不在python-site-packages目录中，这就催生了conda的出现，它不仅仅是一个包管理工具，更是一个全面的解决方案。

       conda的主要职责在于管理Python库的依赖关系，超越pip的单一功能，特别是在python-site-packages之外的领域发挥作用。类似virtualenv，conda可以创建独立的虚拟环境，让你可以方便地在同一个系统上同时处理与Python相关的任务和非Python任务。它采用了一种独立的包格式，这使得pip与conda不能互相兼容，不能混用。因此，虽然pip和conda都是有用的工具，但它们各有侧重，你需要根据具体需求来选择和使用。

FileoutputStream中的write方法什么时候会出现write error

       FileoutputStream中的write方法:

       Throws:

       IOException - if an I/O error

       occurs.

       这种io错误一般不会出现，出现的问题可能是你的文件不存在，或者没有写的权限

       而io错误的解释：/link?url=kooWNMl7rBrXAn_ZhqMKLJZh6p0f8WxUlvCrIsKg3tMNMMAtGktPZYqXFwbkMwGM0s_KfrGR8lMiwh1a

VASP 5.4.4编译与安装

       本文提供如何在Linux Debian系统上安装和编译VASP 5.4.4的指南，同时介绍如何使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit替代付费的Intel Parallel Studio XE。以下为详细步骤：

       一、安装Intel的编译器与库

       首先，使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit安装所需的依赖库和编译器。推荐使用这两个工具以获取免费且易于更新的软件资源。注意，下载链接和哈希验证需确保文件完整与可执行。执行验证命令后，修改下载文件权限并按照指引完成安装。安装完成后，确认安装目录结构正确，并通过setvars.sh文件加载环境变量至.bashrc中，以实现每次终端启动时环境自动加载。

       二、编译环境配置

       安装完毕后，配置环境变量。首先运行setvars.sh文件以加载环境变量。若未出现此文件，可选择手动添加路径至.bashrc文件中。接下来，编译libfftw3xf_intel.a文件，确保编译路径正确且文件生成。

       三、编译VASP

       开始编译VASP前，确保系统中已安装rsync命令。解压VASP 5.4.4源码包后，根据个人路径修改makefile.include文件。根据官方教程配置MKLROOT路径，检查是否正确，若不正确，手动添加至.bashrc文件。在文件中进行特定的配置修改，如添加编译对象、编译参数、链接库等。编译完成后，VASP可执行文件将被生成。

       四、将VASP添加至系统路径

       将生成的可执行文件添加至系统路径，推荐将文件放入/usr/bin目录下。在该目录下创建vasp文件夹，并将可执行文件复制至其中。同时，将路径添加至.bashrc文件以确保每次终端启动时自动加载。通过特定命令检查MKL与VASP是否成功链接。

       五、测试VASP

       使用提供的测试文件（包括INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）测试VASP，确保系统能够正确执行计算，并生成所需的输出文件。检查OUTCAR文件以验证计算结果。

       六、解决常见问题与注意事项

       在编译过程中，注意Intel编译器与库版本的兼容性，避免使用过时的工具。配置环境变量时，可能会遇到缺少setvars.sh文件的情况，可选择重新安装或手动添加路径。安装rsync命令避免潜在的配置问题。在makefile.include文件中，正确配置INC参数以解决可能的编译错误。

       总结，遵循以上步骤并注意细节，您将能够成功安装、编译并运行VASP 5.4.4。如有疑问，可通过在线搜索获取更多帮助。