vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程

       本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的源码详细步骤，包括使用spack管理和源码包的源码部署。首先，源码从百度网盘下载合适的源码源码包，建议将其放置在公共目录或用户的源码python3 源码家目录，然后通过tar命令解压。源码

       接下来，源码配置环境变量，源码确保Python3和必要的源码工具如git、patch已安装，源码同时添加基础编译器如gcc和gfortran。源码运行spack --version检查spack版本并配置编译器。源码在~/.spack目录下，源码创建config.yaml和modules.yaml文件，源码自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。

       在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。

       针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。最后，仿58 源码创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。

       此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。

vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0编译

       初学者对vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译过程可能会感到有些复杂，但实际操作起来并不困难。下面是一个详细的指导过程，旨在帮助初学者顺利完成编译。

       准备阶段：

       1. 确保您已经下载并安装了vasp.5.4.4.pl2和wannier.2.1.0软件。同时，安装intel oneAPI编译器也是必要的。

       操作步骤：

       2. 打开终端，切换到vasp源码所在的目录。确保目录结构正确，vasp和wannier的源码都在各自的目录下。

       3. 下载肖承诚博士提供的接口文件VASP2WAN_v2_fix和mlwf.patch。下载链接如下：github.com/Chengcheng-X... 或者使用wwm.lanzouq.com/iOWNw...。将mlwf.patch文件拷贝到vasp.5.4.4.pl2的根目录。

       4. 更新并编译vasp源码。确保所有依赖包已经正确安装，然后运行“make”命令。这将编译并生成可执行文件。

       5. 执行编译好的vasp程序。在编译完成后，通过运行make all命令，可确保所有相关的mysql 5.6 源码程序和库都已成功构建。

       注意：此教程适用于vasp.5.4.4.pl2+wannier.2.1.0的编译。如需使用vasp.6.3.x + wannier-3.1.0版本，可参考相关文档或链接进行操作。

       在完成上述步骤后，您将成功编译并运行vasp程序。如有任何问题或错误提示，请及时调整和修正，确保编译过程顺利进行。

Bader电荷分析详解

       Bader电荷分析是第一性原理计算中的一个重要工具，首次由Richard Bade在McMaster University提出。通过分析计算结果，可以精确地获取原子周围的电子分布，从而估算原子的化合价。

       Henkelman课题组开发了一个高效程序，能够处理VASP的CHGCAR文件和Gaussian的CUBE文件，支持Linux和MAC OS X平台。用户可以下载该程序的编译好的可执行文件或源代码自行编译，获取详细信息请访问：theory.cm.utexas.edu/he...

       Bader电荷分析的基本流程包括：首先进行结构优化，接着基于优化结构进行静态计算，并保存为POSCAR格式，最后配置INCAR参数进行Bader电荷计算。

       Bader电荷有直接计算和精确计算两种方式。直接计算通过执行命令“bader chargefile”进行，输出文件包括ACF.dat、BCF.dat和AtomVolumes.dat。Bader原子体积可通过指定参数输出，并使用VMD、Jmol、VESTA或支持CUBE文件的程序如GaussView进行可视化。

       精确计算则涉及到VASP的CHGCAR文件处理，该文件仅包含价电荷密度。源码天空照片Bader分析假设电荷密度最大值位于原子中心，但赝势影响了这一假设。VASP中的aeden模块可从PAW计算中输出核心电荷，需要将LAECHG=. true添加至INCAR文件中，生成AECCAR0、AECCAR1、AECCAR2文件。使用chgsum.pl脚本进行求和后，执行命令生成ACF.dat、AVF.dat、BCF.dat文件。正确总电荷的重现需要精细的fft网格，需要通过计算测试NG(X,Y,Z)F方案的可靠性，直至总电荷正确为止。

lammps和vasp的区别

LAMMPS是分子动力学模拟的软件，vasp是原子尺度材料模拟软件。

       LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

       ç¼–程是编定程序的中文简称，就是让计算机代码解决某个问题，对某个计算体系规定一定的运算方式，使计算体系按照该计算方式运行，并最终得到相应结果的过程。

VASP软件中文手册 | 第三章：安装、编译和维护 VASP软件

       华算科技朱老师团队的Cilver老师和Ravi老师带来的《VASP官方入门手册》第三部分详述了如何安装、编译并维护VASP软件。作为备受信赖的DFT计算工具，每年有超过1万篇论文基于VASP发表，截至年，总数已超过万篇，其计算能力不仅验证实验结果，还能预测新发现。

       本教程将分为三个步骤进行讲解：

       1. **获取VASP软件**：由于软件非公共共享，需通过官方途径联系Doris Vogtenhuber获取许可。申请时需提供简短的研究描述，不超过半页。

       2. **安装过程**：安装需一定的UNIX知识，包括理解tar、gzip和make命令。建议在~/VASP/src目录下操作。flash 源码下载首先，从官方网站下载源代码（vasp.X.tar.gz）和赝势数据库，然后解压到特定的子目录，如potUSPP_LDA、potUSPP_PW等。接下来，解压缩vasp.*.tar.gz文件，并根据makefile.machine选择合适的配置，注意检查Makefile中的提示进行配置，可能需要调整编译优化。

       3. **编译和维护**：VASP软件存储在vasp.4.lib和vasp.4.x目录中，后者更新频繁。例如，可以使用makeparam工具手动编译。更新软件时，先从服务器获取最新版本的vasp.4.X.X.tar.gz，解压缩后确保替换旧版本，但需注意解压后可能需要按特定步骤重新编译。

       完成安装和配置后，你可以开始进行计算，但务必遵循教程中的详细指导，以确保顺利运行和解决问题。这个教程旨在帮助您快速掌握VASP计算，成为高性能计算的高手！

VASP 5.4.4编译与安装

       本文提供如何在Linux Debian系统上安装和编译VASP 5.4.4的指南，同时介绍如何使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit替代付费的Intel Parallel Studio XE。以下为详细步骤：

       一、安装Intel的编译器与库

       首先，使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit安装所需的依赖库和编译器。推荐使用这两个工具以获取免费且易于更新的软件资源。注意，下载链接和哈希验证需确保文件完整与可执行。执行验证命令后，修改下载文件权限并按照指引完成安装。安装完成后，确认安装目录结构正确，并通过setvars.sh文件加载环境变量至.bashrc中，以实现每次终端启动时环境自动加载。

       二、编译环境配置

       安装完毕后，配置环境变量。首先运行setvars.sh文件以加载环境变量。若未出现此文件，可选择手动添加路径至.bashrc文件中。接下来，编译libfftw3xf_intel.a文件，确保编译路径正确且文件生成。

       三、编译VASP

       开始编译VASP前，确保系统中已安装rsync命令。解压VASP 5.4.4源码包后，根据个人路径修改makefile.include文件。根据官方教程配置MKLROOT路径，检查是否正确，若不正确，手动添加至.bashrc文件。在文件中进行特定的配置修改，如添加编译对象、编译参数、链接库等。编译完成后，VASP可执行文件将被生成。

       四、将VASP添加至系统路径

       将生成的可执行文件添加至系统路径，推荐将文件放入/usr/bin目录下。在该目录下创建vasp文件夹，并将可执行文件复制至其中。同时，将路径添加至.bashrc文件以确保每次终端启动时自动加载。通过特定命令检查MKL与VASP是否成功链接。

       五、测试VASP

       使用提供的测试文件（包括INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）测试VASP，确保系统能够正确执行计算，并生成所需的输出文件。检查OUTCAR文件以验证计算结果。

       六、解决常见问题与注意事项

       在编译过程中，注意Intel编译器与库版本的兼容性，避免使用过时的工具。配置环境变量时，可能会遇到缺少setvars.sh文件的情况，可选择重新安装或手动添加路径。安装rsync命令避免潜在的配置问题。在makefile.include文件中，正确配置INC参数以解决可能的编译错误。

       总结，遵循以上步骤并注意细节，您将能够成功安装、编译并运行VASP 5.4.4。如有疑问，可通过在线搜索获取更多帮助。

常用的计算软件大集合

        VASP

       官方网址：vasp.at

       VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package，是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。广泛应用于材料模拟和物质科学研究，处理原子、分子、团簇、纳米线、薄膜、晶体、准晶、无定形材料、表面体系、以太体系和固体，能计算结构参数、构型、状态方程、力学性质、电子结构、光学、磁学和晶格动力学性质等。

        Gaussian

       官方网址：gaussian.com

       Gaussian软件是计算化学领域内最流行、应用范围最广的综合性量子化学计算程序包，适用于Windows、Mac OS X、Unix/Linux系统。通过基本命令验证和预测体系的几乎所有性质，具有极高的实用性。GaussView可视化软件的发布及计算机性能的提升大大降低了理论计算的门槛，使各领域研究者轻松研究和分析科学问题。

        LAMMPS

       官方网址：lammps.sandia.gov/

       LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，适用于单CPU和多CPU运行环境。它使用消息响应和模拟域的空间分解并行机制，具有功能易于扩充的特性，适用于软物质、固态材料、粗粒子和介观材料的模拟，以及不同热、力学、化学条件下的性质变化。

        CP2K

       官方网址：cp2k.org

       CP2K是一款著名的从头算分子动力学软件，基于密度泛函理论，使用混合的高斯平面波近似以及多粒子势，能计算更大的体系。适用于周期边界条件，具有多种交换关联泛函和色散校正功能，可以计算激发态，包含多种分子动力学方法。

        QUANTUMESPRESSO

       官方网址：quantum-espresso.org/

       QUANTUMESPRESSO软件包基于密度泛函理论，使用平面波基组和赝势。软件支持基态计算、能量最小化、各种展宽技术、模守恒赝势、PAW交换关联泛函、声子频率计算、电-声相互作用、从头分子动力学等，功能强大。

        Wien2k

       官方网址：wien2k.at/index.html

       WIEN2K软件包是用于计算周期性体系电子结构的最精确的程序之一，基于密度泛函理论和全势方法，提供高精度的电子结构计算。

        Abinit

       官方网址：abinit.org

       ABINIT是一个采用GNU开放源代码发布的软件，使用赝势和平面波，基于密度泛函理论计算总能量、电荷密度、电子结构，并支持几何优化和分子动力学模拟。软件包括大量的工具程序，适用于固体物理、材料科学、化学和材料工程研究。

        CASTEP

       官方网址：castep.org/

       CASTEP是一个基于密度泛函方法的从头算量子力学程序，计算总能量、力、张量，并支持NVE/NVT/Langevin分子动力学、过渡态搜索、弹性系数计算等。软件智能选择关键参数，提供广泛的计算功能。