1.Count值计算的码下几种方式，你会吗

Count值计算的码下几种方式，你会吗

       在转录组定量分析领域，码下多种软件提供不同方式来计算转录本表达量。码下其中，码下RSEM、码下付费视频教程网站源码eXpress、码下salmoe、码下kallisto、码下featureCounts等软件在网上的码下教程丰富，用户可自行学习。码下本教程推荐使用Stringtie -eB和featureCounts两种方法进行转录本定量分析。码下

       Stringtie -eB通过组装后的码下apiphp源码下载merge.gtf注释信息与.bam文件进行转录本表达量的比对，获得转录本的码下FPKM值。随后，码下使用Ballgown包进行后续分析。完成此步骤后，每个样本会生成新的.gtf文件。分析过程中，魔镜+网页+源码可以结合R语言中的ballgown包进行深入研究。

       Stringtie软件附带的prepDE.py程序也是获取转录本丰度的实用工具。与HISAT2+Stringtie+Ballgown组合相比，prepDE.py提供更灵活的下游分析选项，推荐在获取count值后再进行深入分析。

       featureCounts是梦飞飞+源码subread软件中的脚本，用于在bam文件上进行转录本定量分析。安装方式可选使用conda或源码安装。运行时，建议使用前期使用hisat2、bowtie2、bwa或STAR等软件映射的同城圈+源码bam文件。

       HTseq-count是另一个常用的计数软件，与featureCount功能类似。安装和运行HTseq-count软件，可以实现转录本的计数。

       对于需要将count值转换为FPKM值的用户，可以使用Perl脚本完成此转换。通过运行Perl脚本进行转换，并使用cut命令提取所需信息。常用的转换脚本为CountToFPKM.pl。

       本教程覆盖了转录组定量分析的多种方法，以及相关的软件和工具。除了上述提到的方法，还有其他流程如salmon定量分析，用户可根据需求选择合适的方法。在定量后，通常会生成gene_count_matrix.csv文件，该文件可用于后续的分析。

       在进行转录组定量分析时，确保选择合适的软件和参数，以获取准确的转录本表达量。同时，了解不同工具的优缺点，有助于提高分析的效率和准确性。