GSDS基因结构的码下绘制

       GSDS 2.0 是一个旨在用于可视化的基因注释功能并生成高质量图形的工具。它支持多种格式的码下功能，包括 BED、码下GTF/GFF3、码下GenBank Accession Number/GI 和 FASTA 中的码下syncthing源码解析序列。在输入这些功能后，码下GSDS 会将它们转换为统一的码下格式以生成图形。GSDS 2.0 的码下主要功能包括显示外显子/CDS的坐标，以及显示其他注释功能，码下如保守元素和结合位点。码下

       用户可以使用四种格式输入主要特征，码下包括 BED、码下GTF/GFF3、码下GenBank Accession Number/GI 和 FASTA 序列。码下BED 格式使用制表符分隔的字段描述注释特征，包括基因ID、转录本ID、起始位置、结束位置和特征类型。GTF/GFF3 格式广泛用于描述基因特征，每行包含9个字段，包括序列ID、来源、特征类型、起始位置、结束位置、分数、链方向、步进和属性。GenBank Accession Number/GI 格式允许用户输入GenBank访问号或GI号，GSDS 可以从GenBank获取外显子/CDS坐标的谷歌表单源码相关信息。FASTA 格式允许用户输入CDS序列和基因组序列，GSDS 可以将CDS映射到基因组序列并获取CDS的坐标。

       在生成图形之后，用户可以修改图形的显示设置，包括关闭指定功能的显示、修改功能的颜色、形状和大小，以及重新调整内含子。用户还可以上传并在图形的侧边栏上显示系统发育树，以促进进化研究。最后，用户可以将图形导出为SVG、PNG或PDF格式。

       GSDS 支持显示主要特征（外显子/CDS的坐标）以及可以用BED格式描述的其他特征，如保守位点和结合位点。用户可以按照以下格式输入特征：geneID/transcriptID 起始位置 结束位置 特征类型 相位（可选）。为了正确显示主要特征，特征类型的列应包括外显子、CDS或UTR。

       在输入主要特征后，用户可以添加其他特征，如下所示：geneID/transcriptID 起始位置 结束位置 特征类型。在生成图形后，用户可以通过在结果页面中设置"区域4"来对图形进行修改。

       GSDS 2.0 可以在本地安装，用户可以从以下链接下载源代码：/source_code/gsds_v2.tar.gz。在安装之前，需要确保已安装以下先决条件：Apache2 web 服务器、Perl 5.8 或更高版本、SVG 和 Bio-Phylo Perl 模块、Bedtools、javaee 6.0 源码EMBOSS 的两个程序（est2genome 和 seqretsplit）以及 LibRSVG。安装过程包括切换到安装 GSDS 2.0 的路径、解压 tar 包、修改任务目录和日志文件的权限认证、链接 gcgi_bin 目录中的 CGI 命令到系统中的命令、配置 Apache2 以访问 GSDS 2.0。

       UTR（非翻译区）是指成熟 mRNA 位于编码区（CDS）上游不被翻译为蛋白质的区域。在原核生物中，5'非翻译区通常包含核糖体结合位点（RBS），即夏因-达尔加诺序列（AGGAGGU）。真核生物5′非翻译区的中位数长度一般约为核苷酸，但有些可长达数千碱基。

扩展名为cgi的是什么文件

       加入CGI源码的网页的扩展名为.CGI

       CGI 意思为 Common Gateway Interface, 一种基于浏览器的输入、在Web服务器上运行的程序方法.

       CGI脚本 使你的浏览器与用户能交互，为了在数据库中寻找一个名词, 提供你写入的评论，或者从一个表单中选择几个条目并且能得到一个明确的回答. 如果你曾经遇到过在web上填表或进行搜索, 你就是用的CGI脚本. 你那时也许没有意识到，因为大部分工作是在服务器上运行的，你看到的只是结果.

       作为一个网页设计者, 你创建客户端的 CGI脚本, 服务器端的程序用来处理用户输入, 结果返回给用户.

如何下载网站源码

       网站的源码你是无法下载的，最多只要拿到它的页面显示文件，除非你有那个网站的FTP，那么可以登陆把源码全拿下来。1、网站的源码：可以理解为网站源程序的代码，或是传到网站空间可以直接使用的程序代码。

       2、网站源码分为两种，一种是动态源码如：ASP，PHP，JSP，.NET，CGI等，发任务源码一种是静态源码如：HTML等。

C语言个经典开源项目

       C语言个经典开源项目

       一、Webbench

       Webbench是一款用于linux下的网站压测工具，通过模拟多个客户端并发访问指定URL，测试网站在高负载下的性能。最多支持3万并发连接，代码简洁，总共不到行。

       下载链接： home.tiscali.cz/~cz...

       二、CMockery

       CMockery是Google提供的一款轻量级的C语言单元测试框架，简洁且无需依赖其他开源包，对被测试代码的侵入性低。源代码不到3K行。

       主要特点：免费开源、兼容旧版本编译器、无需C标准依赖。

       下载链接： code.google.com/p/cmock...

       三、Libev

       Libev是一个基于epoll、kqueue等OS基础设施的高效事件驱动库，使用Reactor模式处理IO事件、定时器和信号，代码量少至4.版本的多行。

       下载链接： software.schmorp.de/pkg...

       四、Memcached

       Memcached是一个用于动态Web应用的高性能分布式内存对象缓存系统，通过缓存数据和对象减少数据库读取次数，加速动态数据库驱动网站的速度。Memcached-1.4.7版本代码量在K行左右。

       下载地址： a distributed memory object caching system

       五、SQLite

       SQLite是一个开源的嵌入式关系数据库引擎，实现自包容、零配置，源码安装systemtap支持事务的SQL数据库，代码量约3万行，大小K。

       下载地址： SQLite Home Page

       六、Redis

       Redis是一个使用ANSI C编写的开源数据结构服务器，代码量相对较小（4.5w行），几乎不依赖其他库，大部分为单线程。

       下载地址： Redis

       七、Nginx

       Nginx是一款高性能的HTTP和反向代理服务器，设计简洁、功能丰富，具有低系统资源消耗的特性。已发布多年，获得广泛好评。

       下载地址： http://nginx.org/en/download.html

       八、UNIXv6内核源代码

       UNIX V6内核源代码约为1万行，适合初学者理解。与现代操作系统内核源代码（如Linux的万行）相比，UNIX V6源代码在可理解性上有优势。

       下载地址： minnie.tuhs.org/cgi-bin...

       九、NetBSD

       NetBSD是一个免费的、高度移植性的UNIX-like操作系统，支持多种平台，设计简洁、代码规范，具有多项先进特性，广受好评。

       下载地址： The NetBSD Project

       十、Tinyhttpd

       Tinyhttpd是一个超轻量型HTTP服务器，全部代码仅行（包括注释），附带一个简单的客户端，可用于理解HTTP服务器的基本原理。

       下载链接： Tiny HTTPd

如何启动一个fcgi的c程序 ，在cherokee服务器中？

       　CGI全称是“公共网关接口”(Common Gateway Interface)，HTTP服务器与你的或其它机器上的程序进行“交谈”的一种工具，其程序须运行在网络服务器上。

       CGI可以用任何一种语言编写，只要这种语言具有标准输入、输出和环境变量。如php,perl,tcl等

       什么是FastCGI

       FastCGI像是一个常驻(long-live)型的CGI，它可以一直执行着，只要激活后，不会每次都要花费时间去fork一次(这是CGI最为人诟病的fork-and-execute 模式)。它还支持分布式的运算, 即 FastCGI 程序可以在网站服务器以外的主机上执行并且接受来自其它网站服务器来的请求。

       FastCGI是语言无关的、可伸缩架构的CGI开放扩展，其主要行为是将CGI解释器进程保持在内存中并因此获得较高的性能。众所周知，CGI解释器的反复加载是CGI性能低下的主要原因，如果CGI解释器保持在内存中并接受FastCGI进程管理器调度，则可以提供良好的性能、伸缩性、Fail- Over特性等等。

       FastCGI与CGI特点

       1、如CGI，FastCGI也具有语言无关性.

       2、如CGI, FastCGI在进程中的应用程序，独立于核心web服务器运行,提供了一个比API更安全的环境。(APIs把应用程序的代码与核心的web服务器链接在一起，这意味着在一个错误的API的应用程序可能会损坏其他应用程序或核心服务器; 恶意的API的应用程序代码甚至可以窃取另一个应用程序或核心服务器的密钥。)

       3、FastCGI技术目前支持语言有：C/C++、Java、Perl、Tcl、Python、SmallTalk、Ruby等。相关模块在Apache, ISS, Lighttpd等流行的服务器上也是可用的。

       4、如CGI，FastCGI的不依赖于任何Web服务器的内部架构，因此即使服务器技术的变化, FastCGI依然稳定不变。

       FastCGI的工作原理

       1、Web Server启动时载入FastCGI进程管理器（IIS ISAPI或Apache Module)

       2、FastCGI进程管理器自身初始化，启动多个CGI解释器进程(可见多个php-cgi)并等待来自Web Server的连接。

       3、当客户端请求到达Web Server时，FastCGI进程管理器选择并连接到一个CGI解释器。Web server将CGI环境变量和标准输入发送到FastCGI子进程php-cgi。

       4、FastCGI子进程完成处理后将标准输出和错误信息从同一连接返回Web Server。当FastCGI子进程关闭连接时，请求便告处理完成。FastCGI子进程接着等待并处理来自FastCGI进程管理器(运行在Web Server中)的下一个连接。 在CGI模式中，php-cgi在此便退出了。

       在上述情况中，你可以想象CGI通常有多慢。每一个Web请求PHP都必须重新解析php.ini、重新载入全部扩展并重初始化全部数据结构。使用FastCGI，所有这些都只在进程启动时发生一次。一个额外的好处是，持续数据库连接(Persistent database connection)可以工作。

       FastCGI的不足

       因为是多进程，所以比CGI多线程消耗更多的服务器内存，PHP-CGI解释器每进程消耗7至兆内存，将这个数字乘以或就是很大的内存数。

       Nginx 0.8.+PHP 5.2.(FastCGI)服务器在3万并发连接下，开启的个Nginx进程消耗M内存（M*=M），开启的个php-cgi进程消耗M内存（M*=M），加上系统自身消耗的内存，总共消耗不到2GB内存。如果服务器内存较小，完全可以只开启个php-cgi进程，这样php-cgi消耗的总内存数才M。

       什么是PHP-CGI

       PHP-CGI是PHP自带的FastCGI管理器。

       启动PHP-CGI，使用如下命令：

       1

        php-cgi -b .0.0.1:

       PHP-CGI的不足

       1、php-cgi变更php.ini配置后需重启php-cgi才能让新的php-ini生效，不可以平滑重启

       2、直接杀死php-cgi进程,php就不能运行了。(PHP-FPM和Spawn-FCGI就没有这个问题,守护进程会平滑从新生成新的子进程。）

       什么是PHP-FPM

       PHP-FPM是一个PHP FastCGI管理器，是只用于PHP的,可以在 http://php-fpm.org/download下载得到.

       PHP-FPM其实是PHP源代码的一个补丁，旨在将FastCGI进程管理整合进PHP包中。必须将它patch到你的PHP源代码中，在编译安装PHP后才可以使用。

       现在我们可以在最新的PHP 5.3.2的源码树里下载得到直接整合了PHP-FPM的分支，据说下个版本会融合进PHP的主分支去。相对Spawn-FCGI，PHP-FPM在CPU和内存方面的控制都更胜一筹，而且前者很容易崩溃，必须用crontab进行监控，而PHP-FPM则没有这种烦恼。

       PHP5.3.3已经集成php-fpm了，不再是第三方的包了。PHP-FPM提供了更好的PHP进程管理方式，可以有效控制内存和进程、可以平滑重载PHP配置，比spawn-fcgi具有更多有点，所以被PHP官方收录了。在./configure的时候带 –enable-fpm参数即可开启PHP-FPM。

那里有网站代码下载

       在互联网世界中，源码之家是一个宝藏地，汇集了各式各样的免费源代码网站，满足开发者们对代码的渴求。

       如果你对ASP语言情有独钟，不妨前往ASP源码网站，这里提供了丰富的ASP代码资源，从基础教程到实际应用，应有尽有。无论是新手上路，还是经验丰富的老手，都能在其中找到适合自己的代码片段。

       对于PHP开发者来说，PHP源码网站则是必去之地。这里聚集了大量的PHP源代码，从入门到高级，涵盖了Web开发的各个层面。无论是简单的网页构建，还是复杂的系统开发，都能在这里找到所需的代码。

       JSP源码网站则专注于JavaServer Pages技术，提供了大量的JSP源代码资源。对于使用JSP进行Web开发的开发者而言，这里无疑是一个宝藏库，能够帮助他们快速学习和实践JSP技术。

       如果你对脚本语言感兴趣，CGI源码网站是不可错过的选择。这里汇集了大量的CGI程序，涵盖了各种用途，从简单的文本处理到复杂的网络应用，应有尽有。

       .NET源码网站则主要面向使用.NET框架进行开发的开发者。这里提供了大量的.NET源代码资源，包括C#、VB.NET等语言的代码片段，能够帮助开发者快速上手.NET开发。

       在源码之家，无论是哪种类型的源代码网站，都能帮助开发者们学习、实践和创新，提升自己的编程技能。这里不仅是一个代码资源的宝库，更是开发者们交流、分享和成长的平台。