1.xemu(原始Xbox模拟器)v0.6.2.75官方版
2.kodixbmcåkodiåºå«
3.游戏开发工具哪个好
4.一文详解基因组denovo组装原理和实战
5.havok引擎版本演进havok引擎
xemu(原始Xbox模拟器)v0.6.2.75官方版
xemu原始Xbox模拟器是自制自制一个开源的、跨平台的软件应用程序,模拟原始Xbox游戏机的源码游戏硬件,允许用户在Windows、自制自制macOS和Linux系统上玩他们的软件Xbox游戏。
xemu(原始Xbox模拟器)是源码游戏文字的源码一个开源的、跨平台的自制自制应用程序,模拟原始Xbox游戏机的软件硬件,允许用户在Windows、源码游戏macOS和Linux系统上玩他们的自制自制Xbox游戏。
软件特色
开放源代码
xemu的软件源代码是公开的。我们邀请用户帮助改进这个项目。源码游戏
跨平台
xemu可以在Windows、自制自制macOS和Linux平台上运行。软件预编译的源码游戏二进制文件可用于Windows、macOS和Ubuntu。
系统链接
网络支持开箱即用。在本地或通过互联网连接到其他xemu的实例,甚至是真正的Xbox。
游戏手柄支持
基于SDL2,xemu支持几乎所有的游戏手柄。在任何时候都可以连接多达4个控制器,就像一个真正的Xbox。
快照(保存状态)
无需等待检查点。xemu支持保存当前状态并随时加载。
即将推出:
表面缩放
通过提高游戏渲染的分辨率,为你的老游戏注入新的活力。
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游戏开发工具哪个好
你对一款酝酿多年的游戏有什么想法吗?即使没有任何游戏开发经验,如果你能将这个想法变为现实怎么办?如今,任何人都可以使用合适的软件和一些专业知识制作视频游戏。当然,这并不意味着游戏开发很容易。但是,由于免费的游戏开发软件工具,一个曾经花费一年时间制作的游戏现在可以在几个月或几天内制作 - 有时甚至没有任何代码!
这里有最好的免费游戏开发工具和软件,您可以用来开始制作今天的梦想游戏。
注意:此列表按从最简单到最复杂的顺序排序。更简单的免费游戏开发工具更容易上手,但有更多限制。当你在列表中,你将获得更多的灵活性,更便捷的涨停标记源码学习曲线。
1.Construct 3
无需编程:如果您从未在生活中编写过一行代码,那么构造3是最佳选择。这个游戏开发工具完全由GUI驱动,这意味着一切都是拖放式的。游戏逻辑和变量使用应用程序本身提供的设计功能实现。
创建一次,随处发布:Construct 3的优点在于它可以导出到几十种不同的平台和格式,您无需在游戏中更改任何内容以适应这些不同的选项。游戏完成后,您可以导出到HTML5,Android,iOS,Windows,Mac,Linux,Xbox One,Microsoft Store等。
2. GameMaker Studio 2
拖放OR代码:与Construct 3一样,GameMaker Studio 2允许您使用其变量和游戏逻辑的拖放界面创建整个游戏。但与Construct 3不同,GameMaker Studio 2通过其Game Maker语言赋予更多功能,Game Maker语言是一种具有很大灵活性的类C语言脚本语言。
创建一次,随处发布:游戏完成后,您可以导出到任意数量的平台和格式,而无需调整代码:Windows,Mac,Linux,HTML5,Android,iOS,Nintendo Switch,PlayStation 4,Xbox One等。遗憾的是,免费版本不允许导出到任何平台。
悠久的历史:GameMaker Studio 2是Game Maker:Studio的重写版本,从年开始。今天,它是目前最流行和最活跃的免费游戏开发引擎之一。具有功能更新的新版本定期发布。
内置高级功能:GameMaker Studio 2非常棒,彩票全站源码因为它支持开箱即用的许多有趣的生活质量功能,例如向游戏添加应用内购买的功能,用户如何玩游戏的实时分析,来源通过第三方扩展控制,多人网络和可扩展性。它还具有用于图像,动画和着色器的内置编辑器。
3.Unity
支持2D和3D:Unity最初是一个3D引擎,但最终在年增加了官方的2D支持。尽管它完全能够创建2D游戏,但是你可能遇到偶然的错误或故障,因为Unity的2D系统实际上已经加入其核心3D系统。这也意味着Unity给2D游戏增加了许多不必要的麻烦,这可能会影响性能。
基于组件的设计:Unity没有提出组件实体设计,但它在推广它方面有很大的作用。简而言之,游戏中的所有内容都是一个对象,您可以将各种组件附加到每个对象,其中每个组件控制对象行为和逻辑的某些方面。
广泛的使用和文档:要充分利用Unity,您需要使用C#。好消息是Unity在业余爱好者和资深游戏开发者中得到了广泛的应用,你可以在网上找到数以千计的教程来帮助你入门。Unity本身也为新手提供了许多深入的视频系列,所提供的文档非常出色。
创建一次,随处发布:Unity拥有所有游戏引擎最广泛的出口支持:Windows,Mac,Linux,Android,iOS,HTML5,Facebook,Oculus Rift和Steam VR等各种VR系统,以及PlayStation 4,Xbox One等多款游戏机, Nintendo Wii U和Nintendo Switch。
4.戈多引擎
支持2D和3D:与Unity一样,Godot支持创建2D和3D游戏。然而,与Unity不同,如何破解源码戈多的支持要好得多。引擎的2D方面从一开始就经过精心设计,这意味着更好的性能,更少的错误以及更整洁的整体工作流程。
基于场景的设计:戈多对游戏架构的态度是独一无二的,因为一切都被分为场景 - 而不是你想到的那种“场景”。在Godot中,场景是精灵,声音和/或脚本等元素的集合。然后,您可以将多个场景组合成一个更大的场景,然后将这些场景组合成更大的场景。这种分层设计方法使您可以随时轻松地组织和修改单个元素。
自定义脚本语言:Godot使用拖放系统来维护场景元素,但是这些元素中的每一个都可以通过内置脚本系统进行扩展,该系统使用一种名为GDScript的自定义类似Python的语言。它易学易用,即使您没有编码经验,也应该尝试一下。
创建一次,随处发布:Godot可以立即部署到多个平台,包括Windows,Mac,Linux,Android,iOS和HTML5。不需要额外购买或许可,但可能会有一些限制(例如需要在Mac系统上部署Mac二进制文件)。
内置高级功能:Godot以惊人的速度快速迭代游戏引擎。每年至少有一个主要版本,它解释了它如何拥有如此多的强大功能:物理,后处理,网络,各种内置编辑器,实时调试和热重载,源代码控制等。
5.虚幻引擎4
由行业大师开发:在此列表中的所有工具中,UE4是最专业的。它是由Unreal特许经营背后的天才创建的,他们知道顶级引擎需要什么,以及提供下一代功能需要什么。他们确切地知道他们在做什么。pe工具源码
先进的发动机功能:UE4的驱动原则之一是允许您尽可能快地进行迭代和开发,因此您可以获得诸如实时调试,热重新加载,简化的资产管道,即时游戏预览以及数百种包含的资产和系统(如人工智能,**)等功能工具,后处理效果等。
没有必要的代码:UE4的独特卖点是它的Blueprint系统,它可以让你在不触及任何代码的情况下创建游戏逻辑。它足够先进,您可以创建整个游戏,甚至是复杂的游戏,而无需打开源编辑器。但是如果你想编写自己的蓝图代码,你也可以这样做。
一文详解基因组denovo组装原理和实战
面向未来生物医疗数据挖掘应用场景下,如何实现数据计算或挖掘的可扩展性、可重用性、可视性、伸缩性、高保真性。
关于更多生物医疗大数据分析工具和软件的介绍和使用请看六点了官网[1]。
1、基因组组装
2、基于De-Bruijn Graph的组装算法
3、SOAPdenovo的安装和使用说明:安装、说明、配置、运行
4、SOAPdenovo案例实战:数据下载、配置、运行、输出
大家好,这是我们六点了给大家介绍生物信息大数据分析基因组数据分析系列文章第一篇。我们会持续为大家分享关于生物医疗大数据处理相关的知识和案例,希望帮助大家更好地进行自己项目中生物医疗健康大数据处理工作。本篇文章主要四部分来为大家介绍基因组的denovo的知识和以及详细应用案例。①基因组组装、 ②基于De-Bruijn Graph的组装算法、 ③SOAPdenovo的安装和使用说明:安装、说明、配置、运行,以及 ④SOAPdenovo案例实战:数据下载、配置、运行、输出。
基因组组装 (Genome assembly)是生物信息学领域的核心问题,想要深入研究一个生物体,获得参考基因组是第一步也是必须的一步。基因组组装是将原始的下机序列还原成DNA序列片段、以至于整个物种全基因组序列的过程。
基因组组装是基因组分析的关键,对物种起源与进化,挖掘功能基因进而研究疾病发生和发展具有重大意义。
然而由于目前市面上广为应用的二代测序技术获得的测序序列一般都较短,因此如何通过短片段组装成完整的基因组成了亟待解决的问题。
基因组组装可分为基于参考基因组的组装(Mapping assembly)和从头组装(denovo assembly)。两者主要的区别在于是否存在已知的基因组参考序列作为参照。本文我们主要介绍的是denovo组装,即不依赖任何基因组参考序列相关信息而进行的序列组装。目前,应用于主流的基因组denovo组装的算法主要有两个[1]:OLC方法 (Overlap-Layout-Consensus)和 DBG方法 (De-Bruijn Graph)[2]。
而DBG方法的核心思想是将序列拼接问题转化为人们所熟知的欧拉图(Euler Graph)问题[3]。
DBG方法内存消耗相对较低,运算速度快,且准确率高。
目前主流的基因组装算法都是基于DBG方法改进设计的。
前面我们说到基因组denovo组装两种方法,下面主要展开说说基于De-Bruijn Graph的组装算法的基本原理。此处,就以目前使用比较广泛,由华大基因团队开发的SOAPdenovo[4]为例。软件的参考文献[5]有兴趣可以在参考资料看一下读读。
A:基因组DNA打断成小的片段,进行建库和双端测序。~bp的进行直接双端测序,长的片段2-kb的则先进行环化再进行双端测序。
B:组装的核心部分,进行De-Bruijn Graph的构建。构建De-Bruijn图的第一步是将测序read k-mer化,而所谓的k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串,即拿一个k长度的窗口在整个read上1个碱基一个碱基的滑动,每次滑动窗口内部都会产生一个k大小的序列,即为一个k-mer,因此一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers。其中k一定是奇数,如果是偶数遇到回文序列可能会产生完全相同的k-mers。我们将k-mers作为图的节点,如果两个节点有 K-1个共同重叠子集,就把两个节点连接在一起,这样就会形成De-Bruijn Graph,可以看到该图可以很好地展现出序列的顺序信息。
C:进行图结构的精简。尽管前面步骤已经初步构建出图形,但是实际上由于测序错误,重复,杂合等原因,图上会出现很多类似翼尖(tips)、气泡(bubbles)等问题,因此还需要进一步简化。此处简化主要包含四个方面:1)去除tips(可能为测序错误导致的);2)去除低覆盖度的路径;3)解开微小重复的区域(可以通过read穿过来解决)4)合并bubbles气泡区(可能为测序错误,重复或者杂合导致的)。
D: 拆分出contig。在重复的节点处剪断,输出contigs。
E: 构建scaffolds。重新用reads和contigs进行比对,使用paired-end信息来把单一的contigs连接成scaffolds。1)paired reads 比对到contigs上,使临近的contig建立连接;3)paired-end信息的不同插入片段被用来一步步从短到长的建立scaffold.
F: 最终是把多个scaffold组装成无GAP的基因组序列。
SOAPdenovo目前已更新到SOAPdenovo2, github[6]链接: github.com/aquaskyline/...。
直接下载二进制[7]( sourceforge.net/project...)
源代码安装:
安装完可以看到SOAPdenovo-mer,SOAPdenovo-mer两个执行文件。mer代表支持的kmer最大长度为,mer代表支持的kmer最大长度为,除了支持的kmer长度不同外,其他用法完全相同。
SOAPdenovo由于计算量相对较大,对电脑的配置有一定的要求,官网对运行配置的说明:SOAPdenovo 的适用目标是大型植物和动物基因组,尽管它也适用于细菌和真菌基因组。它运行在至少 5G 物理内存的 位 Linux 系统上。对于像人类这样的大基因组,大约需要 GB 的内存。运行SOAPdenovo-mer即可看到SOAPdenovo主要包含了以下6个子命令:
其中,1-5分别表示组装的4个步骤(1,2是两种构图方式,二选一),all则用于一次执行以上的4个步骤。实际应用中,可以使用SOAPdenovo all 一步式跑完,也可以分成4步单独去跑。
soapdenovo需要一个配置文件config_file,里面给定输入文件和一些参数设置。 下面是配置文件的示例和说明:
拆分式:
一步式:
输出文件:运行完会有不少的文件生成,其中后缀分别为contig和scafSeq即为对应组装结果,分别对应contig和scaffold的结果。
下面我们找个NA样本的测序数据,具体来实践一下吧。
下载测序数据:
准备配置文件
vi config_file, 填入以下内容:
运行命令
此处我们将程序运行的标准输出和标准错误都分别重定向到对应的log和err文件中了。一步式运行:
四步单独运行:
输出结果
此处我们的测试数据做了截取,因此可以非常快速的跑完,具体的结果如下图所示,可以看到生成了不少的中间结果文件,其中组装出来的contig和scaford结果即图上圈出来的两个文件: *.contig:contig序列文件,fasta格式; *.scafSeq:scaffold序列文件,contig之间的gap用N填充 。
*.log和*.err是运行的日志,里面包含很多的统计信息,如N,N,contig/Scaffold等信息。
*.scaf:包括scaffold中contig的详细信息;在scaffold行中包括scaffold名字、contig长度和该scaffold长度。在contig行包括contig名字、contig在scaffold上的起始位置、正反链、长度和contig间的链接信息
*.links:contig间的pair-end连接信息
*.readOnContig:reads在contig上的位置。
从sixoclock下载soapdenovo2
此外,六点了官网基于CWL (common workflow language) 对SOAPdenovo2软件进行了封装,通过我们开发的`sixbox` 软件可以快速进行软件的运行。对sixbox不了解可以通过六点了官网了解下。下面是具体的运行步骤如下:
1)下载cwl 源码
sixbox pull cadc5-1a-4a-b-d6ee0db 或 在六点了官网上下载soapdenovo2.cwl
2) 下载数据
3) 使用sixbox生成参数模板文件(YAML) , 并配置yaml文件
不熟悉的,可以直接粘贴下方示例内容到soapdenovo2.job.yam
4)使用sixbox运行
运行结束即可看到当前目录或者指定的输出目录输出对应的SOAPdenovo 组装的结果文件。
至此,SOAPdenovo的实战体验基本就结束了。
以上为我们给大家带来的基因组denovo的基本原理知识,以及在平台上运行经典的SOAPdenovo的详细操作过程。也欢迎大家去我们六点了官网看我们放上去的SOAPdenovo2的CWL流程工具。
如果对生物医疗健康大数据相关内容感兴趣也可以持续关注我们。想要探索更多的软件流程或者知识文档,可以到六点了官网查看。
References
[1] 六点了官网: sixoclock.net
[2] OLC方法 (Overlap-Layout-Consensus)和 DBG方法 (De-Bruijn Graph): zh.wikipedia.org/wiki/%...
[3] 欧拉图(Euler Graph)问题: baike.baidu.com/item/欧拉图/
[4] SOAPdenovo: github.com/aquaskyline/...
[5] 参考文献: genome.org/cgi/doi/.1...
[6] github: github.com/aquaskyline/...
[7] 二进制: sourceforge.net/project...
havok引擎版本演进havok引擎
Havok引擎的版本演进始于年的游戏开发者大会(GDC),首次发布1.0版本。紧接着,在年的GDC大会上发布了2.0版本,随后在年3月释出了4.5版本。Havok引擎的源代码在取得引擎使用授权后,开发者将收到。目前,Havok引擎可在包括微软的视窗操作系统、Xbox与Xbox、任天堂的GameCube与Wii、新力的PS2、PS3与PSP、苹果电脑的Mac OS X、Linux等操作系统或游戏主机上使用。该引擎使用C语言/C++语言编写,具有强大的物理模拟能力,支持多绘图处理器技术加速物理计算,如NVIDIA的SLI和ATI的CrossFire。 在版本演进方面,Havok FX是为了与PhysX竞争而诞生的,它采用多绘图处理器技术加速物理计算。物理运算分为特效和游戏运算,特效运算如爆炸时的烟雾,由GPU的Shader Model 3.0进行运算,减轻CPU负担;而游戏物理运算则由CPU处理。但随着英特尔收购Havok,后者希望物理计算由CPU负责,因此GPU加速Havok FX的开发似乎已取消。 MAXHavok插件是3dsmax4的一个重要组件,允许艺术家和漫画制作者轻松控制和模拟复杂物理场景。它支持综合的硬体和软体动力学、布料仿真和液体仿真,并能模拟关节身体的约束和连接。MAX Havok插件还支持物理现象,如风和马达,能创建多种动态环境。通过指定物理性质,如质量、摩擦和弹力,用户可以快速构建真实世界的场景,精确模拟人物动画关键帧。实时仿真窗口允许用户交互测试和播放场景,极大地节省设计时间。 自Havok引擎发布以来,它已被应用于超过个游戏之中。最初,大多数使用Havok引擎的游戏是第一人称射击类,但随着游戏复杂度和规模的增加,其他类型的游戏也寻求更真实物理表现。大量PS2、Xbox平台的游戏采用了Havok引擎。Havok引擎是Havok公司开发的一款物理引擎,广泛应用于设计学(3D MAX)和游戏开发,是最早支持DirectX 9的物理引擎之一,是目前世界上最快、最方便的跨平台游戏图形解决方案,也是应用最为广泛的物理引擎之一,已有近款游戏使用Havok引擎。 此外,《帝国III:发现时代》是第一款支持DircetX 9.0C(Sharder Model3.0)的即时战略大作。越来越多其他类型的游戏采用Havok引擎,如即时战略游戏帝国时代III与星际争霸II,竞速游戏音速小子与摩托风暴。在3D Studio Max和Maya 3D等软件中,Havok引擎也以插件的形式出现,为用户提供强大的物理模拟能力。扩展资料
Havok引擎,全称为Havok游戏动力开发工具包(Hvok Game Dynamics SDK),一般称为Havok,是一个用于物理系统方面的游戏引擎,为电子游戏所设计,注重在游戏中对于真实世界的模拟。使用撞击监测功能的Havok引擎可以让更多真实世界的情况以最大的拟真度反映在游戏中。